Веселые, увлекательные и самые невероятные приключения необычного жителя морских глубин продолжаются в мультфильме «Губка Боб в 3D». Некто таинственный укал самое ценное из ресторана мистера Крабса, где работает Губка Боб, — рецепт крабсбургеров, который держался в строгом секрете. Эта шокирующая новость приводит к общественным беспорядкам в Бикини Боттом.
Но подводному миру грозит куда большая опасность, о которой совершенно не догадываются его жители. Всему виной коварный план похитителя секретного рецепта, коим является злой пират Бургерная Борода, согласно которому подводный мир погрузится в хаос, что сделает жителей морских глубин злыми и жестокими. Но Губка Боб собирается остановить это безумие, а для этого ему необходимо выбраться на сушу в совершенно неизвестный и чужой мир.